Δύο αλλαγές έκανε το 2004 ο Χ. Λαμπράκης
Ο Χ. Λαμπράκης δείχνει να προετοίμαζε την αλλαγή από το 2004. Προέβη μάλιστα σε διπλή τροποποίηση του καταστατικού μέσα στο έτος, αρχικά λίγες ημέρες πριν χάσει το ΠΑΣΟΚ την εξουσία και στη συνέχεια τον Νοέμβριο του 2004, ενώ από το 1991, που ιδρύθηκε το Ίδρυμα, δεν είχε αλλάξει τίποτα. Με το πρώτο προεδρικό διάταγμα που υπεγράφη την 1η Μαρτίου 2004 καθορίζεται πως τα μέλη του συμβουλίου, «για οποιονδήποτε λόγο μπορούν να περιοριστούν μέχρι τα τρία», ενώ σε περίπτωση παραίτησης «ο αντικαταστάτης εκλέγεται με απόφαση του διοικητικού συμβουλίου ως ισόβιο μέλος» και οι «αποφάσεις για την πώληση περιουσιακών στοιχείων του ιδρύματος λαμβάνονται διά παμψηφίας των μελών».
Αναλυτικά η σημαντικότερη αλλαγή είναι πως «το ίδρυμα διοικείται από πενταμελές διοικητικό συμβούλιο, που βρίσκεται σε νόμιμη σύνθεση, έστω και αν για οποιονδήποτε λόγο τα μέλη περιοριστούν μέχρι τα τρία, και αποτελείται από τους Χρήστο Δ. Λαμπράκη, Λέοντα Β. Καραπαναγιώτη, Σταύρο Π. Ψυχάρη, Ιωάννη Γκ. Γκούμα και Τρύφωνα Ι. Κουταλίδη». «Όλα τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου είναι ισόβια», αναφέρεται στην τροποποίηση της 3ης παραγράφου και «σε περίπτωση αποποίησης, παραίτησης, θανάτου, ανικανότητας ή ανάγκης αντικατάστασης για οποιονδήποτε άλλο νόμιμο λόγο κάποιου από τα πιο πάνω ισόβια μέλη του διοικητικού συμβουλίου ο αντικαταστάτης εκλέγεται με απόφαση του διοικητικού συμβουλίου ως ισόβιο μέλος, από τα λοιπά μέλη αυτού».
Για την πώληση των περιουσιακών στοιχείων χρειάζεται η παμψηφία των μελών, ενώ για τη διάλυσή του απλώς η πλειοψηφία. Αναλυτικά, «οι αποφάσεις για την πώληση περιουσιακών στοιχείων του ιδρύματος λαμβάνονται διά παμψηφίας των μελών αυτού», αναφέρει η πρόταση που προστέθηκε στην παράγραφο 7 του νέου καταστατικού. Και στην «περίπτωση αδυναμίας εκπλήρωσης των σκοπών του ιδρύματος δύναται το διοικητικό συμβούλιο αυτού να αποφασίζει με πλειοψηφία τη διάλυση του ιδρύματος». Σε περίπτωση διάλυσης «η κινητή και ακίνητη περιουσία» μεταβιβάζεται «κατά πλήρη κυριότητα στον Όμιλο Φίλων Μουσικής». Ακόμη το ίδρυμα μπορεί να συμμετέχει ή να ιδρύει «μη κερδοσκοπικές εταιρείες» εφόσον πρόκειται για την «επιτέλεση των σκοπών του ιδρύματος». Στην τροποποίηση της 5ης Νοεμβρίου 2004, σύμφωνα με το ΠΔ, οι αρμοδιότητες του προέδρου του Ιδρύματος, δηλαδή του Χ. Λαμπράκη, είναι οι εξής: Εκπροσωπεί το ίδρυμα στα δικαστήρια και τις αρχές, συγκαλεί το ΔΣ, δίνει εντολές για δαπάνες, υπογράφει τα έγγραφα του ΔΣ, καταρτίζει την ημερήσια διάταξη.
Η περιουσία του ιδρύματος ανέρχεται σε 150.000 ευρώ, εκ των οποίων 120.000 ευρώ κατέβαλε ο ΔΟΛ και 30.000 ο Χ. Λαμπράκης. Πόροι του ιδρύματος είναι οι εισπράξεις από τη διάθεση δημοσιευμάτων και μελετών του ιδρύματος, σε τιμή που δεν αναιρείται ο κοινωφελής σκοπός του, οι επιχορηγήσεις, δωρεές και κληρονομιές, τα εισοδήματα από την εκμετάλλευση των περιουσιακών του στοιχείων και τους τόκους από τις καταθέσεις. Τέλος, μεταξύ των χορηγών-δωρητών του Ιδρύματος, καταγράφονται στην ιστοσελίδα του οι Θεόδωρος και Γιάννα Αγγελοπούλου, η Αγροτική Τράπεζα της Ελλάδας, η ΔΕΗ, ο ΔΟΛ, το Κέντρο Ελληνισμού Ιδρύματος Δαμιανού, το ΄Ιδρυμα Αρχιεπισκόπου Μακαρίου Γʼ, το ΄Ιδρυμα Α. Γ. Λεβέντη, η Λαϊκή Τράπεζα Κύπρου, ο Χρήστος Λαμπράκης, οι Επιχειρήσεις Μαρινοπούλου και ο Γιάννης Χορν. Για την ιστορία, το Ίδρυμα Μελετών Λαμπράκη ιδρύθηκε στις 18 Σεπτεμβρίου 1991 και το σχετικό προεδρικό διάταγμα φέρει την υπογραφή του τότε Προέδρου Κ. Καραμανλή και των τότε υπουργών, Οικονομικών Ι. Παλαιοκρασσα, Παιδείας, Γ. Σουφλιά και Πολιτισμού Α. Μπενάκη. Στο ιδρυτικό ΔΣ συμμετείχαν οι Μανώλης Ανδρόνικος, Ελένη Αρβελέρ – Γλύκατζη, Θεόδωρος Ζάκκας, Λέοντας Καραπαναγιώτης, Τρύφωνας Κουταλίδης, Γιάννης Μαρίνος, Μάριος Πλωρίτης, Λένα Σαββίδη, Χρήστος Χαλκιάς και Χρήστος Λαμπράκης.